ニコニコ動画の利用が広がるなか、浮かび上がった著作権に関するさまざまな問題を交通整理をするかたちで考案されたニコニコ動画オリジナルの規約「ニコニ・コモンズ」のコンセプトは「公式黙認」。クリエイターどうしが交流してコラボレーションする場を提供し、安心して二次創作活動が行える場を提供すること、作品の利用を促進する場を提供することを目的としている。
作品を登録する著作権者はニコニ・コモンズのウェブサイトに作品を登録して利用条件を設定。作品を利用したいクリエイターはその条件のもとで創作活動を行う。作品の登録時には作品ごとに「ニコニ・コモンズID」と呼ばれる管理番号が割り振られ、作品の利用者は登録作品や登録作品を利用して新たに創作された作品（派生作品）をウェブサイトなどで公開する際にそれを自己申告する。
派生作品は「ニコニ・コモンズ」対応サイトで発表し、その際にＩＤを付記することで著作物の利用状況が明確化される。それによって作品の登録日や利用条件の変更履歴、利用者による作品のダウンロード数やダウンロードした利用者の情報も管理することができる。
利用条件は6種類あり、作品を登録するユーザーは登録作品の利用を許諾する条件を設定することができる。固定条件は「作品の改変を許可する」こと。そのほかに営利目的の利用とサイトの限定については、以下のように選択して運用する。著作権者は登録した自身の作品の利用条件を一定のルールのもとで変更することができるほか、権利者が「ニコニ・コモンズ」のもとで有償ライセンスによるビジネスを行うことについては、原則として制限されない。
登録可能な作品は、原則として登録者自身が創作したオリジナル作品だが、登録者と著作権者の間で利用条件の設定も含めて権利処理が完全に行われたものであれば、他人が権利を保有する作品もしくはそれを一部含んだ作品の登録も可能となる。
また、「ニコニ・コモンズ」のAPIを利用して外部サイトへの展開も予定しており、外部対応サイトの第一弾は、クルークの運営するイラスト特化型SNS「pixiv」。これによってニコニコ動画の投稿用サイト「SMILEVIDEO」と「pixiv」の間で、サービスをまたがった作品の利用が可能になる。
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